廢水處理蒸發器在進行清理的過程中，將其進出冷凝器的閥門關緊，然后將溫度計管、排污管連接防腐泵和配液箱使其變成一個小循環的系統，進行清洗。廢水處理蒸發器的加入酸洗緩蝕劑，它的作用就是附在冷凝器的金屬內壁上，防止酸和金屬發生反應。

廢水處理蒸發器在運行時要是其冷凝器中結垢較厚時，則可以添加污垢剝離劑來加速水垢的反應物快速溶于水。在進行操作時候可以加鈍化劑，可以防止金屬表面氧化二生成二次浮銹。